Publikacje naukowe:

a) Monografie:

1. P. Machalski, Europa Samorządna. Samorząd terytorialny w wybranych państwach Unii Europejskiej, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2015/2018.

2. R. Gawłowski, P. Machalski, K. Makowski, Samorząd terytorialny w systemie administracji publicznej, Wydawnictwo CeDeWu, Warszawa 2017/2019. 

b) Artykuły i recenzje:

1. P. Machalski, Ronald Reagan i Jan Paweł II na wspólnej drodze do wolności Europy [w:] „Societas et ius” 2012, nr 1, s. 153-164.

2. P. Machalski, /Rec./ Danuta Waniek, Orzeł i krucyfiks. Eseje o podziałach politycznych w Polsce, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2011, [w:] „Historia i Polityka” 2012,  nr 8 (15), s. 171-175.

3. P. Machalski, Współpraca międzynarodowa jednostek polskiego samorządu terytorialnego jako odpowiedź na wyzwania współczesnej administracji, [w:] Współczesne wyzwania administracji rządowej i samorządowej, red. D. Plecka, Toruń 2013, s. 175-191.

4. P. Machalski, Stosunki izraelsko-palestyńskie oczami turysty i pielgrzyma, [w:] Izrael z perspektywy prawnoczłowieczej i prawnomiędzynarodowej, red. J. Kisielińska, T. Garncarek, Toruń 2013, s. 99-105. (e-book dostępny pod adresem: http://sknpc.files.wordpress.com/2013/10/izrael-z-perspektywy-prawnoczc582owieczej-i-prawnomic499dzynarodowej.pdf)

5. P. Machalski, Kościół rzymskokatolicki a media: aspekt doktrynalny, prawny i praktyka relacji [w:] „Warmińsko-Mazurski Kwartalnik Naukowy. Nauki Społeczne” 2014, nr 2 (10), s. 35-60.

6.   P. Machalski, Papież-Słowianin w Europie Środkowej. Dyplomatyczny wymiar podróży apostolskich Jana Pawła II do wybranych państw środkowoeuropejskich w ostatniej dekadzie XX wieku, [w:] Między Rosją a Niemcami. Dyplomacja środkowoeuropejska w XX wieku, red. E. Alabrudzińska, Toruń 2015, s. 60-100.

7. P. Machalski, Turcja XXI wieku – jeszcze Azja czy już Europa?: aspekt polityczno-społeczny, gospodarczy i kulturowo-religijny, [w:] Polityka państw azjatyckich. Wyzwania i dylematy, red. J. Marszałek-Kawa, K. J. Helnarska, Toruń 2015, s. 263-290.

8. P. Machalski, Naród, pamięć i tożsamość w nauczaniu społecznym św. Jana Pawła II, „Analecta Cracoviensia” 46 (2014), s. 63-82.

9. P. Machalski, Jan Paweł II wobec  Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską z 28 lipca 1993 roku, [w:] Dylematy i wyzwania współczesności w nauczaniu społecznym Jana Pawła II, red. A. Górska, M. Strzelecki, Olsztyn 2016, s. 65-81.

10. P. Machalski, Projekty zasadniczego podziału terytorialnego Rzeczypospolitej Polskiej w latach 90-tych XX wieku, stan obecny i perspektywy zmian, [w:] Jaka administracja? Rozważania nad teorią i praktyką administracji polskiej po 1989 roku, red. M. Strzelecki, W. Zubrzycki, D. Jurczak, Olsztyn 2016, s. 45-62.

11. P. Machalski, Modele relacji między państwem a Kościołem rzymskokatolickim w świetle przesłania Konstytucji duszpasterskiej o Kościele w świecie współczesnym – Gaudium et spes, „Fides, Ratio et Patria. Studia Toruńskie” 2016, nr 4, s. 141-172.

12. P. Machalski, Od inauguracji do kanonizacji. Dyplomatyczny wymiar wydarzeń okolicznościowych organizowanych przez Stolicę Apostolską w latach 2005-2014, [w:] Dylematy europejskiej dyplomacji XX-XXI wieku, red. E. Alabrudzińska, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2016, s. 176-203.

13. P. Machalski, Nie tylko w PRL. Ataki na Kościół i sferę sacrum w III RP, [w:] Czas próby. Kościół katolicki w okresie PRL, red. W. Polak, A. Czwołek, S. Galij-Skarbińska, Toruń 2017, s. 419-440.

14. P. Machalski, Stolica Apostolska jako podmiot współczesnych stosunków dyplomatycznych, [w:] 1815-2015. W dwusetną rocznicę protokołu dyplomatycznego, red. E. Alabrudzińska, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2017, s. 83-101.

15.  P. Machalski, Ku ratyfikacji Konkordatu: stosunki dyplomatyczne między Rzecząpospolitą Polską a Stolicą Apostolską w latach 1989-1998, [w:] Polska w dyplomacji europejskiej w XX-XXI wieku, red. E. Alabrudzińska, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2017, s. 146-185.

16. P. Machalski, Św. Jan Paweł II wobec idei jedności i integracji europejskiej.  Analiza porównawcza przesłania pielgrzymek do PRL i wolnej Polski, [w:] Papieskie pielgrzymki w PRL, red. W. Polak, J. Kufel, P. Ruchlewski, Europejskie Centrum Solidarności, Gdańsk 2019, s. 371-392.

17. P. Machalski, Samorząd terytorialny u naszych sąsiadów, „Gazeta Sołecka” V-VI 2020, s. 94-97.

18. P. Machalski, Wybrane mechanizmy zapewniania bezpieczeństwa energetycznego i ekologicznego w wymiarze lokalnym, [w:] Bezpieczeństwo lokalne – wybrane problemy teorii i praktyki, red. G. Górski, A. Potoczek, Jagielloński Instytut Wydawniczy, Toruń 2022, s. 199-228.

19. P. Machalski, Zapewnianie bezpieczeństwa energetycznego jako wyzwanie dla społeczności lokalnych, [w:] Współczesne uwarunkowania logistyki i bezpieczeństwa w środowisku lokalnym, regionalnym i globalnym, red. R. Dzik, R.B. Panfil, Wydawnictwo Rys, Poznań 2023, s. 183-208.